Kerana sejarah panjang budaya makmal dan kemudahan manipulasi, E. coli juga memainkan peranan penting dalam kejuruteraan biologi moden dan mikrobiologi industri. [65] Karya Norman Stanley Cohen dan Herbert Boyer dalam E. coli, plasmid menggunakan dan sekatan enzim untuk membuat DNA rekombinan, menjadi asas dari bioteknologi. [66]

Dianggap sebagai tuan rumah sangat serbaguna untuk pengeluaran protein heterolog, [67] penyelidik dapat memperkenalkan gen ke dalam mikrob menggunakan plasmid, sehingga memungkinkan untuk pengeluaran massa protein dalam proses fermentasi industri. sistem genetik juga telah dibangunkan yang membolehkan pengeluaran protein rekombinan menggunakan E. coli. Salah satu aplikasi yang berguna pertama dari teknologi DNA rekombinan adalah manipulasi E. coli untuk menghasilkan insulin manusia [68] Modified E. coli telah digunakan dalam pembangunan vaksin, bioremediasi, dan pengeluaran enzim amobil. [67] E. coli. tidak boleh, bagaimanapun, akan digunakan untuk menghasilkan beberapa, protein lebih besar kompleks yang mengandungi ikatan disulfida ganda dan, khususnya, tiol tidak berpasangan, atau protein yang juga memerlukan pengubahsuaian pasca-translasi untuk aktiviti. [65]

Kajian juga sedang dilakukan ke dalam program E. coli berpotensi menyelesaikan masalah matematik yang rumit seperti masalah jalan Hamiltonian. [69]